Kontrola podatkowa podejmowana jest przez organy podatkowe z urzędu. Celem kontroli podatkowej jest sprawdzenie, czy kontrolowani podatnicy (płatnicy lub inkasenci) wywiązują się z obowiązków wynikających z przepisów prawa podatkowego.
Wszczęcie postępowania kontrolnego upoważnia organ podatkowy do wystąpienia do podatnika w trybie art. 9a ust. 4 uCIT (odpowiednie regulacje uPIT) o przedstawienie DPCT w terminie 7 dni. Organ podatkowy może również zwrócić się do podatnika o przedstawienie wszystkich dowodów potwierdzających zapisy dokonane w DPCT. W szczególności organ podatkowy może zażądać przedstawienia uwierzytelnionych oraz przetłumaczonych kopii dokumentów obcojęzycznych, a związanych z realizacją transakcji udokumentowaną DPCT.
Należy zaznaczyć, iż z czynności kontrolnych sporządza się protokół kontroli, który powinien zawierać m.in.:
- wskazanie kontrolowanego,
- wskazanie osób kontrolujących,
- określenie przedmiotu i zakresu kontroli,
- określenie miejsca i czasu przeprowadzenia kontroli,
- opis dokonanych ustaleń faktycznych,
- dokumentację dotyczącą przeprowadzonych dowodów,
- ocenę prawną sprawy będącej przedmiotem kontroli,
- pouczenie o prawie złożenia zastrzeżeń lub wyjaśnień oraz prawie złożenia korekty deklaracji.
W opisie dokonanych ustaleń protokół stwierdza stan faktyczny dotyczący realizacji transakcji pomiędzy podmiotami powiązanymi. Jeżeli stan faktyczny ustalony przez organ podatkowy odbiega od przedstawionego przez podatnika w dokumentacji podatkowej oraz potwierdzonych innymi dowodami, w takim przypadku istnieje duże prawdopodobieństwo wszczęcia postępowania podatkowego określającego dochód (stratę) we właściwej, zdaniem organu, wysokości.