Postępowanie podatkowe w II instancji, tzw. postępowanie odwoławcze jest wszczynane przez podatnika, który otrzymał nieprzychylną decyzję w postępowaniu podatkowym w I instancji. Odwołanie od decyzji organu I instancji jest wnoszone za pośrednictwem tego organu w terminie 14 dni od dnia doręczenia zaskarżanej decyzji. Należy mieć również na uwadze, iż wniesienie odwołania do organu II instancji we właściwym terminie, nie wstrzymuje wykonania decyzji organu I instancji.

Organ I instancji, który wydał zaskarżaną decyzję ma 14 dni na wydanie decyzji uchylającej uprzednio wydaną (tryb samokontroli) bądź przekazanie sprawy do organu odwoławczego. Odwołanie od decyzji wnoszone przez organ powinno zawierać zarzuty przeciw decyzji, określać istotę i zakres żądania będącego przedmiotem odwołania oraz wskazywać dowody uzasadniające to żądanie.

Niespełnienie wymogów wskazanych w przepisach ordynacji podatkowej dotyczących treści lub terminu odwołania skutkuje wydaniem przez organ II instancji postanowienia zamykającego postępowanie odwoławcze. Postanowienie takie jest ostateczne dla postępowania w II instancji, jednak dopuszczalne jest wniesienie na nie skargi do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego.

W przypadku spełnienia formalnych wymogów przez podatnika, organ II instancji dokonuje ponownego rozpatrzenia sprawy. W postępowaniu organu II instancji obowiązują te same zasady postępowania co w przypadku spraw przed I instancją.

Organ II instancji w toku postępowania może przeprowadzić dodatkowe uzupełniające postępowanie dowodowe, bądź też uchylić zaskarżone rozstrzygnięcie i przekazać sprawę do ponownego rozpatrzenia organowi I instancji.

Z naszego doświadczenia wynika, że w skomplikowanych sprawach II instancja często przedłuża okres wydania decyzji, nie mając obowiązku jego rozpatrzenia w określonym terminie.

Zarówno w trakcie postępowania przed I i II instancją podatnik może przedkładać wszelkie dowody na poparcie swoich twierdzeń, jednak zasadnicze czynności dowodowe organu powinny być rozpatrywane w postępowaniu przed I instancją.

W toku postępowania podatkowego w II instancji, organ podatkowy może wydać następujące rozstrzygnięcia:

• decyzję utrzymującą w mocy decyzję organu I instancji,
• decyzję uchylającą decyzję organu I instancji w całości lub w części i rozstrzygającą w tym zakresie co do istoty sprawy,
• decyzję uchylającą decyzję organu I instancji w całości lub w części i umarzającą postępowanie w sprawie,
• decyzję umarzającą postępowanie odwoławcze,
• decyzję uchylającą w całości decyzję organu I instancji, mocą której przekazuje sprawę do ponownego rozpatrzenia przez ten organ.

Od wydanej decyzji organu II instancji, podatnikowi przysługuje wniesienie skargi na Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w terminie 30 dni od dnia doręczenia rozstrzygnięcia.

Otrzymanie decyzji organu II instancji, z którą podatnik się nie zgadza upoważnia go do wniesienia skargi do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego (WSA) w terminie 30 dni od dnia doręczenia decyzji.

Wyrok wydany przez WSA rozstrzyga o tym czy decyzje organu I i II instancji wydane były zgodnie z prawem zarówno w aspekcie proceduralnym, w szczególności postępowania dowodowego oraz prawidłowości zastosowania przepisów prawa. Dlatego też WSA nie prowadzi postępowania dowodowego, a jedynie bada czy organy prawidłowo przeprowadziły to postępowanie oraz weryfikuje prawidłowość interpretacji i zastosowania przepisów będących podstawą wymiaru zaległości podatkowych.

Wyrok WSA może uchylić decyzje organów podatkowych lub oddalić skargę uznając, że nie naruszają one obowiązującego prawa. W przypadku negatywnego wyroku WSA podatnikowi przysługuje skarga do Naczelnego Sądu Administracyjnego w Warszawie. Termin rozpatrzenia skargi przez WSA we Wrocławiu wynosi ok. 1 roku.

W przypadku negatywnego wyroku WSA podatnikowi przysługuje skarga do NSA, która musi być sporządzona przez profesjonalnego pełnomocnika. Wyrok NSA stanowi ostateczne rozstrzygnięcie podejmowane przez Sąd w Polsce.

W przypadku negatywnego wyroku NSA w ograniczonym zakresie istnieje możliwość zaskarżenia go do Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości, jeżeli możliwe jest wykazanie sprzeczności przepisów prawa polskiego z przepisami europejskimi, które zostały inkorporowane do polskiego porządku prawnego. Podobnie jak powyżej termin rozpatrzenia skargi przez NSA wynosi ok. 1 roku.